IJN
国际肾脏病学会杂志
2090 - 2158
2090 - 214 x
Hindawi
10.1155 / 2019/1095215
1095215
研究文章
小说对终末期肾病进展的单体型指标沙特的病人
https://orcid.org/0000 - 0001 - 7333 - 6486
塞勒斯
西里尔
1
Chathoth
Shahanas
1
Vatte
Chittibabu
1
Alrubaish
也同苏方就达
2
Almuhanna
奥斯玛
2
https://orcid.org/0000 - 0001 - 7199 - 1540
Borgio
j·弗朗西斯
3
Al-Mueilo
萨米尔
2
艾尔Muhanna
法赫德
2
阿尔阿里
Amein K。
1
阿加瓦尔
Anil K。
1
生物化学系
医学院的
伊玛目阿卜杜·本·费萨尔大学
达曼
沙特阿拉伯
iau.edu.sa
2
内科
法赫德国王大学医院
伊玛目阿卜杜·本·费萨尔大学
Al-Khobar
沙特阿拉伯
iau.edu.sa
3
研究所和医疗咨询
伊玛目阿卜杜·本·费萨尔大学
达曼
沙特阿拉伯
iau.edu.sa
2019年
22
8
2019年
2019年
29日
04
2019年
16
07年
2019年
17
07年
2019年
22
8
2019年
2019年
版权©2019西里尔•塞勒斯等。
这是一个开放的文章在知识共享归属许可下发布的,它允许无限制的使用,分布和繁殖在任何媒介,提供最初的工作是正确的引用。
背景。终末期肾病(ESRD)是高血压肾硬化的结果和慢性肾小球疾病和与高发病率和死亡率相关。有很强的遗传因素在疾病的表现与肾疾病的遗传倾向,包括局灶节段性肾小球硬化症和arterionephrosclerosis。最近的研究在遗传学检查修改的风险因素导致肾脏疾病,这提供了一个进步的肾脏疾病的深入见解。单核苷酸多态性的距离
SHROOM3CST3,
SLC7A9,
MYH9基因已经被增加患慢性肾病的风险和迹象。
方法。总共有160慢性肾病病人和189个对照组的沙特起源参与了这项研究。8个多态性(
SHROOM3 -rs9992101 rs17319721;
SLC7A9-rs4805834;
MYH9-rs4821480、rs4821481 rs2032487 rs3752462;使用TaqMan CST3-rs13038305)基因分型检测,单体型分析是使用HaploView 4.2软件完成的。
结果。单体型分析显示
新颖的单体型”
E6“-GTTT ESRD相关风险明显增加(
p
=
0.0001
)和慢性肾病(
p
=
0.03
)。
结论。CKD常常是沉默,直到在疾病的晚期尿毒症症状。新发现的单体型可帮助识别患者的风险ESRD CKD的迅速发展。准确检测和映射的遗传变异有助于改善风险分层和发展提高CKD的和有针对性的治疗管理。
达曼大学
2014115
irb - 2014 - 08 - 046
阿卜杜勒阿齐兹国王科技城
12-MED2799-46
1。介绍
终末期肾病(ESRD)通常是由高血压引起肾硬化和慢性肾小球疾病
1]虽然诱发肾硬化和高血压之间的联系还没有定论(
2]。研究检查修改的风险因素,导致慢性肾病。然而,有很强的遗传因素在疾病的表现
3,
4),与绝大多数的个人患有并存状况,如高血压或糖尿病(
5,
6]。
出现以来的全基因组关联研究(GWAS),许多小说与常见的人类疾病相关基因座已确定(
7),包括慢性肾病(
3,
8- - - - - -
10]。基因多态性在金色的家庭成员3 (
SHROOM3)已被确定为一个通过GWAS CKD易感性位点。
SHROOM3是上皮细胞排列的调节器和平面重建
11),导致肾小球滤过屏障的完整性(
12]。许多研究表明,
SHROOM3扮演着一个重要的角色在哺乳动物肾脏发展和人类肾脏疾病通过估计肾小球滤过率(GFR) (eGFR)。其中一个CKD-associated
SHROOM3rs17319721变异,已被证明影响cis-expression和移植肾纤维化
13]。基因多态性在溶质载体家庭7-member 9
(SLC7A9)基因,一种氨基酸转运蛋白在肾近端小管细胞,导致胱氨酸尿(
14与肾小球滤过率(GFR)[],显示一个协会
3,
15),被确认为一个风险因素对CKD患者的欧洲血统
8]。半胱氨酸蛋白酶抑制物C的变体(
CST3)也显示出影响改变表皮生长因子受体和肾脏疾病
16]。多态性在肌凝蛋白重链9 (
MYH9)22号染色体基因已被证明是与风险相关局灶节段性肾小球硬化症(FSGS),艾滋病毒相关肾病慢性肾病与混在非糖尿病患者肾脏疾病,(ESRD) hypertension-associated和非糖尿病的病因ESRD的
17- - - - - -
20.]。的
MYH9风险之间的多态性是常见的非裔美国人,造成ESRD大约40 - 45%的和70%的非糖尿病患者ESRD [
21]。
2016年美国肾脏数据系统(
22]报道ESRD的患病率为2067每百万的发病率/ 370 /年。遗传基础的小儿肾脏疾病,如先天性小儿肾病综合症,明显高于在沙特阿拉伯王国(KSA)比在西方世界(
23]。ESRD的患病率在KSA表现出快速增长在过去的几十年中导致超过那些在欧洲和美国的人口(
24]。慢性肾病的发病率和患病率KSA估计大约有172万,相当于约6%的人口。的,只有7.1%是意识到自己的疾病状态,这往往导致无法意识到贫穷的结果在这些病人
25]。此外,有一个急剧的年度增加的速度CKD患者发展的迹象,这占每年死亡人数的2.21% (
24]。成人ESRD患者糖尿病肾病的患病率是42.5%与18.6%的死亡率比非糖尿病的患者的6.9%。种族被认为扮演一个重要角色在CKD遗传学、基因分型结果很少的研究建立慢性肾病协会执行了迄今为止在沙特阿拉伯和周边地区。我们以前的研究(
26)强调了协会的八个snp在这四个基因区域和提出了一个显著的预测方法使用FGF23 CKD,维生素D3水平,
MYH9基因型(
26]。单代表结合遗传因素在一个保存完整的或分离的染色体重组。单是常用的研究来识别disease-conferring基因或位点。目前,围绕使用遗传关联研究兴趣浓厚,有故意地更强大的研究设计比本地化的链接或家庭研究常见疾病易感性位点,带来温和的风险(
27]。这里,我们现在这些snp的单体型协会160年沙特CKD和189年non-CKD主题从KSA对慢性肾病恶化风险评估。
2。材料和方法
2.1。研究人群
这项研究包括160名沙特CKD患者报告美国肾脏学的法赫德国王医院大学阿尔·霍巴。严格的入选标准为,病例和控制,之后由于沙特人口CKD患病率高。磷酸的历史任何浪费障碍患者,包括肿瘤导致软骨病(TIO), x连锁低磷酸盐血(XLH),常染色体显性hypophosphatemic佝偻病(ADHR),未经治疗的原发性甲状腺机能亢进,那些接受肾脏替代治疗被排除在研究之外。控制由沙特起源的189名健康受试者没有肾疾病的证据(血清肌酐< 1.4和< 1.2 mg / dl在男性和女性,分别)。本研究伦理委员会批准的伊玛目阿卜杜·本·费萨尔大学进行根据《赫尔辛基宣言》。从所有参与者签署书面知情同意了。
2.2。基因分型检测
DNA分离出349个人使用的血QIAamp DNA迷你包(美国试剂盒)按照制造商的指示。pcr分析是由ABI TaqMan SNP基因分型检测160慢性肾病病人和189个对照组。Allele-specific TaqMan®PCR技术是一个高度敏感的检测和实时PCR进行使用ABI 7500快。疾病有关的snp选自发表文章,即rs9992101 rs17319721 (
SHROOM3),rs4805834 (
SLC7A9)、rs4821480 rs4821481、rs2032487 rs3752462 (
MYH9)和rs13038305 (
CST3),包括。额外的100个冠状动脉疾病患者高血压的基因分型
MYH9(rs4821481 rs4821480 rs2032487和rs3752462)单核苷酸多态性。
2.3。E单体型
MYH9于单跨12日至23日内含子被4标记snp重建。组成的四个SNP位点的单体型
MYH9基因的顺序rs4821480 (T / g) rs4821481 (T / c) rs2032487 (c / T)和rs3752462 (c / T)。4个snp基因分型,单体型测定使用HaploView 4.2软件分配单到chromosome-specific块基于partition-ligation方法通过EM算法(
28]。识别的非随机协会估计八个snp的连锁不平衡(LD),每一对snp是使用标准d '计算方法。患者人群进一步分层为军团CKD ESRD(表皮生长因子受体(eGFR > 15)和< 15)来评估单体型变化的意义。
2.4。统计分析
SPSS版本19日(芝加哥,伊利诺斯州)是用来完成统计分析。突变状态分为积极或消极的定性。基因型频率检测对照组哈迪温伯格平衡。
3所示。结果
本研究调查了160例慢性肾病病例,85男性和75女性,平均年龄为47.68±17.27年。研究对象的基线特征补充表所示
1。
TaqMan分析遗传变异rs9992101 rs17319721 (
SHROOM3),rs4805834 (
SLC7A9)、rs4821480 rs4821481、rs2032487 rs3752462 (
MYH9)和rs13038305 (
CST3所有样本)进行。对照组与哈迪温伯格平衡所有snp是相一致的。分析基因型多态性的分布在我们之前的研究(
26]。
HaploView分析结果在图表示
1。表
1和
2表明不同的频率
MYH9E和
SHROOM3分别单和他们的协会。一个新的单体型“E6”
- - - - - -GTTT透露是与患者群显著相关(
p
=
0.03
)、分层CKD组(
p
=
0.002
)和(ESRD队列(
p
=
0.0001
)。常见的单体型GTTC (E4) (
p
=
0.0009
)还发现与慢性肾病(表相关联
1)。在进一步分层,E6单体型与ESRD被发现密切相关(
p
=
0.0001
ESRD)与控制和在ESRD CKD和(
p
=
0.04
)分析。
连锁不平衡(LD)分析。LD模式两者之间
蘑菇和四个
MYH9单核苷酸多态性在CKD患者与控制队列。单核苷酸多态性之间的两两相关测量
r
2并在每个钻石(×100)所示。坐标是根据144年NCBI构建dbSNP (r107)。(一)控制与病人。(b) CKD和迹象。(c)控制与慢性肾病。(d)控制ESRD vs。(e)控制与CAD。ESRD (f)与CAD。
的频率
MYH9E单CKD等分层组之间相比,ESRD和CAD。
组 |
单体型 |
频率 |
x平方分布 |
p
价值 |
控制与患者 |
TTTC |
0.43 |
1.075 |
0.2998 |
TTTT |
0.27 |
1.461 |
0.2268 |
GCCT |
0.23 |
0.339 |
0.5603 |
GTTC |
0.03 |
10.979 |
9×10
−4 |
TCCT |
0.02 |
0 |
0.9923 |
GTTT |
0.01 |
4.663 |
0.0308 |
到达目标时间 |
0.7 |
5.295 |
0.0214 |
海湾合作委员会 |
0.24 |
0.391 |
0.532 |
GTT |
0.04 |
15.934 |
6.6×10
−5 |
移行细胞癌 |
0.02 |
0 |
0.9896 |
|
控制与慢性肾病 |
TTTC |
0.43 |
1.718 |
0.19 |
TTTT |
0.28 |
1.625 |
0.2024 |
GCCT |
0.24 |
2.613 |
0.106 |
GTTC |
0.02 |
9.492 |
0.0021 |
TCCT |
0.02 |
0.07 |
0.7919 |
到达目标时间 |
0.7 |
7.108 |
0.0077 |
海湾合作委员会 |
0.25 |
2.584 |
0.1079 |
GTT |
0.03 |
10.934 |
9×10
−4 |
移行细胞癌 |
0.02 |
0.067 |
0.7954 |
|
ESRD CAD与 |
TTTC |
0.418 |
0.009 |
0.9256 |
TTTT |
0.269 |
3.632 |
0.0567 |
GCCT |
0.228 |
0.551 |
0.4581 |
GTTC |
0.038 |
8.051 |
0.0045 |
GTTT |
0.028 |
6.615 |
0.0101 |
TCCT |
0.015 |
0.46 |
0.4975 |
|
控制与ESRD |
TTTC |
0.44 |
0.294 |
0.5876 |
TTTT |
0.27 |
2.968 |
0.0849 |
GCCT |
0.22 |
0.084 |
0.7723 |
GTTC |
0.03 |
15.431 |
8.6×10
−5 |
TCCT |
0.02 |
0.022 |
0.8828 |
GTTT |
0.02 |
14.495 |
1×10
−4 |
到达目标时间 |
0.71 |
5.181 |
0.0228 |
海湾合作委员会 |
0.22 |
0.06 |
0.8066 |
GTT |
0.05 |
30.498 |
3.34×10
−5 |
移行细胞癌 |
0.02 |
0.021 |
0.8838 |
|
ESRD CKD和 |
TTTC |
0.4 |
0.517 |
0.4723 |
GCCT |
0.25 |
2.542 |
0.1108 |
TTTT |
0.23 |
0.26 |
0.6104 |
GTTC |
0.06 |
0.494 |
0.4821 |
GTTT |
0.03 |
4.217 |
0.04 |
TCCT |
0.02 |
0.008 |
0.9302 |
到达目标时间 |
0.63 |
0.082 |
0.7747 |
海湾合作委员会 |
0.26 |
2.442 |
0.1181 |
GTT |
0.09 |
3.329 |
0.0681 |
移行细胞癌 |
0.02 |
0.007 |
0.9338 |
|
计算机辅助设计与控制 |
TTTC |
0.436 |
0.533 |
0.4656 |
TTTT |
0.298 |
0.214 |
0.644 |
GCCT |
0.228 |
0.369 |
0.5435 |
TCCT |
0.018 |
0.933 |
0.3342 |
GTTC |
0.011 |
0.154 |
0.6946 |
的频率
SHROOM3(ESRD)单在CKD患者分层之间相比,和控制军团。
组 |
单体型 |
频率 |
x平方分布 |
p
价值 |
控制与患者 |
GG |
0.69 |
0.507 |
0.4765 |
AA |
0.24 |
1.525 |
0.2168 |
遗传算法 |
0.04 |
0.035 |
0.8512 |
AG) |
0.03 |
1.91 |
0.1669 |
|
控制与慢性肾病 |
GG |
0.69 |
0.563 |
0.4531 |
AA |
0.24 |
2.098 |
0.1475 |
遗传算法 |
0.04 |
0.002 |
0.963 |
AG) |
0.03 |
2.383 |
0.1227 |
|
控制与ESRD |
GG |
0.69 |
0.824 |
0.3639 |
AA |
0.23 |
0.155 |
0.6939 |
遗传算法 |
0.05 |
1.998 |
0.1575 |
AG) |
0.04 |
0.052 |
0.8203 |
|
ESRD CKD和 |
GG |
0.66 |
0.014 |
0.9052 |
AA |
0.27 |
0.807 |
0.369 |
遗传算法 |
0.05 |
1.49 |
0.2222 |
AG) |
0.02 |
1.514 |
0.2186 |
验证新E6单体型,另有100 CAD患者高血压的基因分型
MYH9(rs4821481 rs4821480 rs2032487和rs3752462)单核苷酸多态性。单体型分析显示,新单体型无关紧要的CAD患者。此外,这部小说E6单体型还发现显著相关(
p
=
0.010
)当ESRD CAD组相比(表
1)。
4所示。讨论
CKD正成为一个重要的全球健康问题和发病率和死亡率的主要原因。遗传搜索CKD的重要标记来识别那些至关重要的风险迹象。许多基因已被证明与慢性肾病有关。
SHROOM3监管机构的上皮细胞排列有助于肾小球滤过屏障的完整性,
CST3参与肌酐和半胱氨酸蛋白酶抑制物合成,与多个kidney-related特征密切相关。的
SLC7A9基因表达在肾近端小管细胞,显示的是与肾脏功能的标记,肌酐,表皮生长因子受体。
MYH9基因编码一种蛋白质表达的肾小球足细胞(
26]。
MYH9不同程度的基因突变导致肾炎爱泼斯坦和Fechtner综合症(
21]。
MYH9单核苷酸多态性和单体型与风险相关联T2D non-T2D肾病,红斑狼疮肾炎、高血压肾病,FSGS [
17,
18,
20.,
29日- - - - - -
32]。这个研究显示更多的组合的单体型分析的重要性
MYH9比单核苷酸多态性基因区域。Oleksyk et al。
33)报道,E1的单体型
MYH9基因区域,突出在撒哈拉以南非洲,可能是参与增加患慢性肾病的风险增加肾小球硬化症放松管制,通过激活性肾炎蛋白尿的足突细胞的功能,而不是通过免疫机制。在目前的研究中,E1 (GCCT)单体型缺乏任何协会(ESRD)对慢性肾病或矛盾的运煤船等的结果。
34]。罕见的E5 (GCTC)是唯一的其他单体型携带rs4821481 C等位基因,这是在仅有的两个人口多样性的人类基因组项目,在Mandenka频率为0.02,0.01西非族群,巴勒斯坦人(
33]。科普et al。
18E2单体型突出报道在欧洲,中东,和亚洲南部和中部人口预防肾脏疾病,和Tavira et al。
35]报道西班牙群体相同的保护作用。E2 (TTTC)和E3 (TTTT)单本研究缺乏一个协会。有趣的是,本研究的单体型频率不同的报道从其他人群
33]。E4和E6单是显著相关(ESRD)与慢性肾病的风险增加。甚至在分层组织,ESRD (eGFR < 15毫升/分钟/ 1.73米2)和慢性肾病(eGFR > 15毫升/分钟/ 1.73米2),E4 (GTTC)与慢性肾病的风险增加有关,虽然小说单体型GTTT (
p
=
0.0001
)被发现只有相关的迹象。
单核苷酸多态性rs9992101 rs17319721位于
SHROOM34号染色体上基因与CKD密切相关[对方篮里
8),而前者是在高连锁不平衡与rs17319721 (LD)。rs17319721(一)等位基因与增加有关
SHROOM3转录,因此与肾小球滤过率增加,从而增加了患CKD [
3]。没有这两个单核苷酸多态性及其单体型与慢性肾病的风险在目前的研究。
5。结论
CKD常常是沉默,直到晚期的障碍。因此,许多人仍然没有意识到,直到检测到尿毒症症状,和他们开始患有肾疾病。新发现的单体型将有助于确定CKD的患者更快发展的风险向迹象。本研究将进一步了解肾脏功能的生物机制通过识别位点可能影响代谢肾的功能。
数据可用性
和/或使用的数据集分析在当前研究可从相应的作者。
的利益冲突
作者宣称没有利益冲突。
确认
我们感谢院长以来科研大学的达曼(西里尔•塞勒斯博士批准号2014115和IRB # IRB - 2014 - 08 - 046)和阿卜杜勒阿齐兹国王科技城(KACST)(批准号12-MED2799-46)资助。我们还要感谢杰弗里·詹姆斯Tam莫罗先生和默罕默德•哈桑Alshamlan技术和管理支持。
补充材料
补充表1:总研究人群的基线特征和阶梯的分布。
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